تأسس القسم في عام 2009م، حيث بدأ التسجيل للطلبة في العام الدراسي 2010/2011م. يتميز القسم بالجزء الخاص بالمكافحة المتكاملة للآفات، الذي يلقى اهتماماً محليا وعالمياً بالإضافة إلى مجال وقاية النبات كتخصص عام، ويمنح القسم درجة البكالوريوس في وقاية النبات والمكافحة المتكاملة.
كما يتيح القسم المجال للطلبة كمهندسين زراعيين في المستقبل لإيجاد فرص العمل المتاحة في المؤسسات المحلية والوطنية التي تعنى بالقطاع الزراعي، وفي البرامج التعاونية الخاصة بالمكافحة المتكاملة للآفات، وفي المزارع القائمة على مبدأ المكافحة المتكاملة للآفات والشركات المتخصصة في وقاية النبات كمصانع المبيدات الزراعية وشركات المبيدات والمواد الزراعية الأخرى في القطاع الخاص.
رئيس القسم: أ.د. موفق كراجة