يهدف القسم إلى تعريف الطالب بالبكتريا والفيروسات والفطريات التي تسبب الأمراض معرفة كاملة من حيث تركيب الميكروب وقدرته على إحداث المرض وطرق التشخيص والعلاج وكذلك معرفة الطفيليات الطبية وقدرتها على إحداث المرض و طرق التشخيص والعلاج وتدريب الطالب على التعرف على الجراثيم المسببة للأمراض عن طريق الفحص الميكروسكوبي وتدريب الطالب على عزل أنواع البكتريا والطفيليات في العينات الطبية التي يتم فحصها مجهريا وإجراء الاختبارات المعملية اللازمة لمعرفة الميكروب المسبب للمرض بالإضافة إلى إجراء فحوص الحساسية للمضادات الحيوية. ويهدف مساق علم المناعة الطبية إلى تعريف الطالب على مكونات المناعة الطبيعية والمناعة المكتسبة و المواد التي تنشط جهاز المناعة وكذلك تكوين ووظيفة الأجسام المضادة ويهدف القسم إلى تشجيع العمل البحثي وخدمة المجتمع عبر المحاضرات التعليمية في المدارس أو الجمعيات الخيرية للتعريف بالإمراض المعدية وطرق الوقاية منها والمحافظة على الصحة العامة للأفراد ومنع العدوى.