بتاريخ 1981 أنشئت كلية العلوم الشرطية في عمان وكانت تسمى سابقاً كلية الشرطة الملكية لتشكل النواة الأولى لجامعة مؤتة وقد باشرت مهامها في موقعها المؤقت في عمان في ذلك الوقت وانتقلت إلى الموقع الدائم على ارض مؤتة في عام 1984 بعد آن خرجت في الموقع المؤقت في عمان أربعة أفواج وكانت تدرس تخصصين هما (العلوم الشرطية والقانون والعلوم الشرطية والإدارة ) طوال السنوات الثلاث الأولى .

بتاريخ 17/8/1981م جرى تخريج الفوج الأول من تلاميذ الكلية والذي كان قد بدأ الدراسة في (كلية الشرطة الملكية) بتاريخ 8/2/1978م في موقعها الكائن في عمّان.

جميع النفقات المترتبة على التلميذ العسكري مغطاة كاملة والتي تشمل ً الدراسة والإطعام واللباس والإسكان وكلفة التأمين الصحي بالإضافة إلى راتب شهري مناسب.

يستقبل الجناح العسكري كل عام فوجاً جديداً من تلاميذه وتلميذاته من خلال تقييم قدراتهم في التحصيل الأكاديمي ودرجات ذكائهم ولياقتهم البدنية والصحية ضمن شروط قبول أساسية.

يقبل الجناح العسكري كل عام عدد من التلاميذ من الدول شقيقة.

​  ​

بتاريخ 27/9/1984م انتقلت الكلية إلى الموقع الدائم للجامعة على أرض مؤتة في محافظة الكرك وأسندت مهمة الأشراف والقيادة والتوجيه والتدريب لتلاميذ الكلية إلى كلية العلوم العسكرية التي أنشئت في ذلك العام.

بتاريخ 1/2/1986 ضمت كلية القيادة والأركان لجامعة مؤتة بموجب النظام رقم (70) لعام 1986 وفي نفس العام ضمت كلية الدفاع الوطني الملكية للجامعة والتي كانت تسمى سابقاً ( كلية الحرب).

بتاريخ 18/8/1991م وفي ضوء الدراسات التي أجريت بتكليف من اللجنة الملكية الخاصة بجامعة مؤتة قرر رئيس الجامعة بناءً على تفويض من اللجنة الملكية بأن تقوم (كلية العلوم الشرطية )بمهامها تجاه مبعوثي الأمن العام (تلاميذ كلية العلوم الشرطية) من حيث الإشراف والتوجيه وتدريب مع الإبقاء على كافة الأمور الإدارية مشتركة مع كلية العلوم العسكرية .

بتاريخ 27/5/1993م تم فصل الجناح العسكري عن الجناح المدني في الجامعة بناءً على قرار من اللجنة الملكية الخاصة بجامعة مؤتة، وتم تنفيذ القرار اعتبارا من مطلع العام الدراسي 1993/1994م.

في شهر تشرين الأول/ 1998 صدرت الإرادة الملكية السامية بالموافقة على ربط كلية الأميرة منى للتمريض والمهن الطبية المساندة بجامعة مؤتة اعتباراً من مطلع العام الدراسي 1998 / 1999م.

بتاريخ 18/1/2001م تم توقيع اتفاقية بين جامعة مؤتة ومديرية الأمن العام لفتح برنامج الماجستير بالقانون والعلوم الشرطية بهدف تطوير المستوى العلمي لضباط جهاز الأمن العام بما ينسجم والتطور الحاصل في كافة نواحي الحياة.

في عام 2008 ارتبطت كلية العلوم الإسلامية في الجناح العسكري ارتباطا أكاديميا.