تأسست مدرسة جامعة مؤتة النموذجية عام 1994م وتقوم فلسفتها على تقديم خدمات تعليمية وتربوية لأبناء العاملين في الجامعة وأبناء المنطقة من خلال برامج تربوية متطورة تستوعب المستجدات التربوية المنسجمة مع التراث العربي والإسلامي وتعتمد في تحقيق ذلك على معلمين مؤهلين يخضعون لأفضل الدورات التدريبية ومناهج استمدت أصولها من تقاليد المجتمع العربي والإسلامي وتوفير البيئة المناسبة لتحقيق هذه الأهداف، وتم نقلها عام 2005 للمبنى الجديد والذي يقع في حرم جامعة مؤتة . ويشرف على نشاطات المدرسة العديدة من اللجان والمدارس وهي مجلس الإدارة المدرسية ومجلس الإشراف الفني ومجلس المنسقين ومجلس الطلبة بالإضافة إلى اللجان التي يشرف عليها المعلمون. كما وتشارك المدرسة في كل عام بالمسابقات الثقافية والدينية والرياضية على مستوى محافظة الكرك والمملكة بالتنسيق مع مديرية تربية لواء المزار الجنوبي أيضا تقوم المدرسة بتنظيم رحلات وزيارات علمية وترفيهية لطلبتها في مختلف الفصول الدراسية داخل المحافظة وخارجها مع تأمين المواصلات. وفي المدرسة مرحلتان: مرحلة للتعليم الأساسي من الصف الأول وحتى الصف العاشر, ومرحلة للتعليم الثانوي للصفين الأول الثانوي والثاني الثانوي العلمي والأدبي. وقد بلغ عدد الطلبة في المدرسة للعام الدراسي 2018/2019 (1004) طالبا وطالبة موزعين على (42) شعبة صفية, كما وبلغ عدد المعلمين للعام الدراسي 2018/2019 (77) معلما ومعلمة. .