لقد شيد الحرم الجامعي في بلدة مؤتة التاريخية، في السفح التي حدثت فيه معركة مؤتة بين المسلمين والبيزنطيين في عام 629 ميلادية (8 هجرية)، وبالرغم من أن المسلمين لم يحرزوا في هذه المعركة الانتصار الحاسم لقلة عددهم، فإنهم أظهروا شجاعةً وثباتاً وجلداً في قتالهم نتيجة مهاراتهم وتكتيكاتهم العسكرية ؛ ولهذا سميت الجامعة من قبل المغفور له جلالة الملك الحسين بجامعة مؤتة تخليداً لهذا الحدث المهم في التاريخ الإسلامي, ووفاء لتلك التضحيات التي أبداها صحابة رسول الله صلى الله عليه وسلم في حمل الرسالة.

ويضم الحرم الجامعي معظم كليات الجامعة في الجناحين العسكري والمدني، بينما تقع كلية التمريض وكلية الصيدلة في الحرم الطبي للجامعة الذي يبعد سبعة كيلومترات عن حرم الجامعة الرئيسي، أما كلية الزراعة فتقع على بعد خمسة وعشرين كيلومتراً (25كم) عن الحرم الجامعي في مدينة الربة. أما كلية الأميرة منى للتمريض والمهن الطبية المساندة التابعة للجناح العسكري، فتقع في مدينة الحسين الطبية في عمان، حيث تتلقى طالبات الجناح العسكري تدريباتهن العملية هنالك.

وتعتبر مؤتة بلدة صغيرة, وفيها مجتمع متلاحم اجتماعياً, وبذلك شكلت هذه البلدة مكاناً مناسباً لإعداد الطلبة وتزويدهم بالمعارف والقيم اللازمة في بيئة اجتماعية منضبطة.