أُسسّت جامعة مؤتة في عام 1981م بصدور الإرادة الملكية السامية من لدن المغفور له صاحب الجلالة الملك الحسين بن طلال طيب الله ثراه بإنشاء الجناح العسكري، ليكون نواة لمؤسسة أكاديمية عسكرية في منطقة جنوب عمان.

إن رؤية جلالة الملك لهذه الجامعة أن تكون رافداً لإثراء القوات المسلحة الأردنية والأجهزة الأمنية بنوعية جديدة من الضباط الأكفياء المؤهلين علمياً وعسكرياً والمتمتعين بالقيم العسكرية الرفيعة.

لقد بدأت الجامعة بكلية الشرطة الملكية التي انضمت إلى الجامعة تحت اسم كلية العلوم الشرطية. وفي السنوات الثلاث الأولى كان موقع الكلية المؤقت هو الموقع السابق لكلية الشرطة الملكية في عمان، وقد تخرج منه أربعة أفواج من الطلبة العسكريين قبل أن ينتقل إلى الموقع الدائم في مؤتة.

وقد اقتصر التدريس طوال السنوات الثلاث الأولى على تخصصين هما: العلوم الشرطية والقانون، والعلوم الشرطية والإدارة العامة ، وتم بعد ذلك إضافة ثلاثة تخصصات أخرى هي: العلوم الشرطية والحاسوب ، والعلوم الشرطية واللغة الإنجليزية ، والعلوم الشرطية والمحاسبة.

واستلهاماً للرؤية الملكية لجلالة المغفور له الملك الحسين تم إنشاء كلية العلوم العسكرية في شهر أيار من عام 1984م لإعداد القيادات العسكرية المتمتعة بقيم مجتمعهم وتمتلك المهارات العالية, وفي العام الجامعي 1984-1985 استقبلت الكلية أول فوج للطلبة المستجدين لتؤدي بذلك رسالتها في التعليم والتدريب للطلبة العسكريين الجدد في موقعها الدائم.

بعد ذلك تم دمج كلية الحرب الملكية بجامعة مؤتة تحت اسم كلية الدفاع الملكية الأردنية التي تدرس تخصص العلوم العسكرية والإدارة، و تم ربط كلية القيادة والأركان الملكية بالجناح العسكري في جامعة مؤتة، وتمنح هذه الكلية درجة البكالوريوس في العلوم العسكرية.

وفي 28 أيلول من عام 1998م انضمت كلية الأميرة منى إلى جامعة مؤتة تحت اسم كلية الأميرة منى للتمريض والمهن الطبية المساندة.

وفي عام 2008, تم ربط كلية الأمير الحسن للعلوم الإسلامية بالجامعة أكاديمياً.