تم بموجب المادة (25/ج) من قانون الجامعات الأردنية رقم (2) لسنة 2009 و​نظام الرقابة الداخلية وتعديلاته رقم (3) لسنة 2011 تطوير دائرة الرقابة الذي تم انشائه في الجامعة بموجب المادة (37) من النظام المالي في جامعة مؤتة رقم (35) لسنة 1987م , بحيث اصبح يرتبط إدارياً بمجلس أمناء الجامعة وتحت مسمى دائرة الرقابة والتدقيق الداخلية وتقوم بمهامها من خلال :

- شعبة الرقابة المالية .

- شعبة الرقابة الإدارية .

- شعبة الرقابة الفنية .

- شعبة المتابعة .

وتتولى الدائرة القيام بمهمة الرقابة المالية على كافة إيرادات الجامعة والرقابة المباشرة على  الانفاق من خلال التدقيق المسبق على كافة سندات الصرف بالإضافة إلى دراسة المعاملات المحولة إليها من قبل عطوفة رئيس الجامعة والأساتذة نواب الرئيس لبيان الرأي فيها قبل اتخاذ القرارات علاوة على ممارسة الأعمال الرقابية على كافة مرافق الجامعة من خلال الرقابة الميدانية .