تقوم دائرة الراقابة والتدقيق الداخلية منذ انشائها بكافة الاعمال المناطة بها وفقاً للأنظمة والتشريعات النافذة في الجامعة والمعايير المهنية والموضوعية وتواكب في عملها السعي إلى التطوير في الاداء من خلال تطبيق المعايير الدولية في التدقيق .

​   وتقوم الدائرة بكافة الاعمال الرقابية على الجامعة مالياً وإدارياً وقانونياً وتسعى دوما للارتقاء بجامعة مؤتة لتحقيق الاهداف المرجوة من وجود الجامعة .